Яицкие бунтовщики были тогда не редки, и казанское начальство не обратило большого внимания на присланного преступника. Пугачев содержался в тюрьме не строже прочих невольников. Между тем сообщники его не дремали. Однажды он под стражею двух гарнизонных солдат ходил по городу для собирания милостыни. У Замочной Решетки (так называлась одна из главных казанских улиц) стояла готовая тройка. Пугачев, подошед к ней, вдруг оттолкнул одного из солдат, его сопровождавших; другой помог колоднику сесть в кибитку и вместе с ним ускакал из городу. Это случилось 19 июня 1773 года. Три дня после в Казани получено было утвержденное в Петербурге решение суда, по коему Пугачев приговорен к наказанию плетьми и к ссылке в Пелым на каторжную работу.
Пугачев явился на хуторах отставного казака Данилы Шелудякова, у которого жил он прежде в работниках. Там производились тогда совещания злоумышленников.
Сперва дело шло о побеге в Турцию: мысль издавна общая всем недовольным казакам. Известно, что в царствование Анны Ивановны Игнатий Некрасов успел привести ее в действо и увлечь за собою множество донских казаков. Потомки их доныне живут в турецких областях, сохраняя на чуждой им родине веру, язык и обычаи прежнего своего отечества. Во время последней Турецкой войны они дрались противу нас отчаянно. Часть их явилась к императору Николаю, уже переплывшему Дунай на запорожской лодке; так же, как остаток Сечи, они принесли повинную за своих отцов и возвратились под владычество законного своего государя.
Но яицкие заговорщики слишком привязаны были к своим богатым родимым берегам. Они, вместо побега, положили быть новому мятежу. Самозванство показалось им надежною пружиною. Для сего нужен был только прошлец, дерзкий и решительный, еще неизвестный народу. Выбор их пал на Пугачева. Им нетрудно было его уговорить. Они немедленно начали собирать себе сообщников.
Военная коллегия дала знать о побеге казанского колодника во все места, где, по предположениям, мог он укрываться. Вскоре подполковник Симонов узнал, что беглеца видели на хуторах, находящихся около Яицкого городка. Отряды были посланы для поимки Пугачева, но не имели в том успеха: Пугачев и его главные сообщники спасались от поиска, переходя с одного места на другое и час от часу умножая свою шайку. Между тем разнеслись странные слухи… Многие казаки взяты были под стражу. Схватили Михайла Кожевникова, привели в комендантскую канцелярию и пыткою вынудили от него следующие важные показания:
В начале сентября находился он на своем хуторе, как приехал к нему Иван Зарубин и объявил за тайну, что великая особа находится в их краю. Он убеждал Кожевникова скрыть ее на своем хуторе. Кожевников согласился. Зарубин уехал и в ту же ночь перед светом возвратился с Тимофеем Мясниковым и с неведомым человеком, все трое верхами. Незнакомец был росту среднего, широкоплеч и худощав. Черная борода его начинала седеть. Он был в верблюжьем армяке, в голубой калмыцкой шапке и вооружен винтовкою. Зарубин и Мясников поехали в город для повестки народу, а незнакомец, оставшись у Кожевникова, объявил ему, что он император Петр III, что слухи о смерти его были ложны, что он, при помощи караульного офицера, ушел в Киев, где скрывался около года; что потом был в Цареграде и тайно находился в русском войске во время последней турецкой войны; что оттуда явился он на Дону и был потом схвачен в Царицыне, но вскоре освобожден верными казаками; что в прошлом году находился он на Иргизе и в Яицком городке, где был снова пойман и отвезен в Казань; что часовой, подкупленный за семьсот рублей неизвестным купцом, освободил его снова; что после подъезжал он к Яицкому городку, но, узнав через одну женщину о строгости, с каковою ныне требуются и осматриваются паспорта, воротился на Сызранскую дорогу, по коей скитался несколько времени, пока наконец с Таловинского умета взят Зарубиным и Мясниковым и привезен к Кожевникову. Высказав нелепую повесть, самозванец стал объяснять свои предположения. Он намерен был обнаружить себя по выступлении казацкого войска на плавню (осеннее рыболовство), во избежание супротивления со стороны гарнизона и напрасного кровопролития. Во время же плавни хотел он явиться посреди казаков, связать атамана, идти прямо на Яицкий городок, овладеть им и учредить заставы по всем дорогам, дабы никуда преждевременно не дошло о нем известия. В случае же неудачи думал он броситься в Русь, увлечь ее всю за собою, повсюду поставить новых судей (ибо в нынешних, по его словам, присмотрена им многая неправда) и возвести на престол государя великого князя. Сам же я, говорил он, уже царствовать не желаю. Пугачев на хуторе Кожевникова находился три дня; Зарубин и Мясников приехали за ним и увезли его на Усихину Россашь, где и намерен он был скрываться до самой плавни. Кожевников, Коновалов и Кочуров проводили его.
Взятие под стражу Кожевникова и казаков, замешанных в его показании, ускорило ход происшествий. 18 сентября Пугачев с Будоринского форпоста пришел под Яицкий городок с толпою, из трехсот человек состоявшею, и остановился в трех верстах от города за рекой Чаганом.
В городе все пришло в смятение. Недавно усмиренные жители начали перебегать на сторону новых мятежников. Симонов выслал противу Пугачева пятьсот казаков, подкрепленных пехотою и с двумя пушками под начальством майора Наумова. Двести казаков при капитане Крылове отряжены были вперед. К ним выехал навстречу казак, держа над головою возмутительное письмо от самозванца. Казаки потребовали, чтоб письмо было им прочтено. Крылов тому противился. Произошел мятеж, и половина отряда тут же передалась на сторону самозванца и потащила с собою пятьдесят верных казаков, ухватя за узды их лошадей. Видя измену в своем отряде, Наумов возвратился в город. Захваченные казаки приведены были к Пугачеву, и одиннадцать из них, по приказанию его, повешены. Сии первые его жертвы были: сотники Витошнов, Черторогов, Раинев и Коновалов; пятидесятники Ружеников, Толстов, Подъячев и Колпаков, рядовые Сидоровкин, Ларзянев и Чукалин.